Penahanan
Tahanan ISA lazimnya diletakkan di bawah tahanan di Pusat Tahanan Kamunting.
60 hari pertama
Seseorang yang ditahan di bawah ISA semasa 60 hari pertama tidak dibenarkan berkomunikasi dengan dunia luar. Tambahan pula, peguam dan ahli keluarga tidak dibenarkan melawat orang yang ditahan semasa tempoh awal ini. Jika satu perintah penahanan dua tahun ditandatangani, orang yang ditahan akan dibawa ke Pusat Tahanan Kamunting untuk tempoh yang ditetapkan, dan ahli keluarga lazimnya dibenarkan melawat semasa tempoh ini. Jika tidak, orang yang ditahan akan dibebaskan.
Penyeksaan
Penyeksaan dilaporkan menjadi sebahagian daripada kehidupan harian tahanan ISA. Mereka yang pernah ditahan menyatakan bahawa mereka telah didera secara fizikal dan mental yang termasuk salah satu daripada senarai ini: pukulan, penanggalan pakaian, soal siasat 24 jam, ketidakbenaran tidur, ancaman bunuh, ancaman deraan fizikal pada ahli keluarga termasuk ancaman rogol kepada anak mereka. Juga, tahanan diletakkan secara individu dalam sel penjara kecil tanpa cahaya dan udara, dalam yang dipercayai menjadi sel tahanan rahsia. Teknik dan aksi penyeksaan ini direka untuk memalukan dan menakutkan tahanan supaya mendedahkan kekurangan dan memecahkan pertahanan mereka.
Pembebasan
Kendatipun kerajaan boleh membebaskan tahanan tanpa bersyarat, dalam sesetengah kes, ia telah menuntut mereka yang dibebaskan untuk membuat "pengakuan" umum di televisyen dan radio.
Kritikan
Disebabkan sifat ISA yang tidak berperikemanusiaan, beberapa pertubuhan hak asasi manusia dan parti pembangkang telah mengritik Akta ini dan memanggil pemansuhannya. Kerajaan asing, terutama kerajaan Barat, juga telah menekan kerajaan untuk memansuhkan Akta.
Dalam negara
Beberapa parti politik pembangkang termasuk Parti Islam Se-Malaysia [PAS],Parti Tindakan Demokratik (DAP) dan Parti Keadilan Rakyat (PKR) telah menyatakan bantahan mereka terhadap ISA. Ramai diantara pemimpin dan ahli terkenal mereka yang telah ditahan di bawah ISA termasuk Lim Kit Siang, Karpal Singh dan Lim Guan Eng dari DAP dan Anwar Ibrahim dari PKR.
Namun Akta ini juga pernah dikritik oleh beberapa ahli politik gabungan Barisan Nasional, termasuk parti komponen terbesarnya, Pertubuhan Kebangsaan Melayu Bersatu (UMNO) yang telah memerintah Malaysia semenjak kemerdekaannya juga telah mengritik ISA. Perdana Menteri Malaysia kelima, Abdullah Ahmad Badawi, telah menyatakan pada tahun 1988 "Jika kita semua hendak menyelamatkan Malaysia dan UMNO, Dr Mahathir (Perdana Menteri ketika itu) mesti diguling. Dia menggunakan undang-undang kejam seperti Akta Keselamatan Dalam Negeri untuk mendiamkan pengkritiknya." Tahun sebelumnnya, dia juga telah menyatakan "Undang-undang seperti ISA tidak punyai tempat di Malaysia moden. Ia merupakan perundangan tidak berperikemanusiaan dan jahat." Pada tahun 2003 apabila beliau menjadi Perdana Menteri pula, beliau mengatakan bahawa ISA adalah "undang-undang yang perlu," dan mengemukakan argumentasi "Kami tidak pernah menyalahgunakan Akta Keselamatan Dalam Negeri. Kesemua mereka yang ditahan dibawahnya terbukti mengancam masyarakat secara umum."
Luar negara
Kerajaan Amerika Syarikat pernah mengritik kerajaan Malaysia kerana menggunakan ISA beberapa kali, paling terkini pada tahun 2001 apabila Presiden George W. Bush mengatakan bahawa "Akta Keselamatan Dalam Negeri adalah undang-undang jahat. Tidak wajar ada lagi negara yang punyai undang-undang yang membenarkan penahanan tanpa perbicaraan." Pada 2004 pula, Bush berpaling dan berkata "Kami tidak seharusnya sewenang-wenangnya mengklasifikasi Akta Keselamatan Dalam Negeri Malaysia sebagai undang-undang kejam.", dan ini amat mungkin berpunca daripada peristiwa 11 September 2001 dan penggubalan Akta Patriot selepasnya.
